男性乳腺发育症的具体发病机制尚不明确，但与雌激素、雄激素水平失衡密切相关。正常情况下，雌激素可刺激乳腺组织的增生，而雄激素可抑制乳腺组织的生长、发育，当雌激素水平过高或雄激素水平下降即两者比列失调时会引起乳腺发育。男性乳腺发育症可以根据发病原因，分为原发性男性乳腺发育症和继发性男性乳腺发育症。其中原发性男性乳腺发育症为患者生长发育不同阶段，因生理性的激素变化，导致雌激素和雄激素比例失调，造成男性乳腺发育，例如新生男婴因母体雌激素水平过高，使雌激素对乳腺的促进作用占主导，造成乳腺发育，此外，青春期、老年期男性，因激素分泌不平衡，也会导致乳腺发育。继发性男性乳腺发育症为其他刺激因素，如某些疾病/药物/毒品等，引起男性体内雌激素、雄激素比例失调，造成乳腺发育。

      许多疾病会导致雌激素、雄激素分泌紊乱，主要包括如下疾病：肿瘤性疾病包括睾丸精原细胞瘤、畸胎瘤、肺癌，以及垂体、肾上腺、下丘脑等内分泌器官的肿瘤等；非肿瘤性疾病如男性先天性睾丸发育不全、继发性睾丸衰竭、肝脏衰竭、肾脏疾病、雄激素敏感综合征、甲状腺功能亢进或减退等，均会引起男性乳腺发育。许多药物会不同程度地使雄激素水平下降，或使雌激素水平升高，如抗雄激素药、类固醇、西咪替丁、地高辛、钙通道阻滞剂、螺内酯等，造成乳腺发育；肥胖会引起雌激素水平升高，从而造成乳腺发育； 醺酒与男性乳腺发育症有关，而醺酒导致的肝病会加剧病情的发展；某些洗发水、肥皂或洗衣液富含植物精油，因具有轻微的雌激素活性，也会导致该病；毒品、饥饿后进食也可以诱发男性乳腺发育症。